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纳他霉素可有效抑制霉菌、酵母菌、真菌的产生。它与常用的化学合成防腐剂苯甲酸钠和山梨酸钾的作用相当，且对霉菌、酵母菌的抑制能力是山梨酸钾的50-300倍，所以在较小浓度下就可以达到很强的抑菌效果。低剂量使用纳他霉素时，可被人体代谢排出体外，且不会影响食物的口感、风味和色泽。由于纳他霉素不对细菌有抑制作用，因此不会影响奶酪、火腿、酸奶、糕点等的自然成熟，常被用于上述食品中。
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